آگاهان و افراد نزدیک به طالبان می‌گویند که قدرت در دور اول حاکمیت طالبان منحصر به رهبرشان بود، اما در دور دوم قدرت تقسیم شده است.
به باور آنان، با تقسیم قدرت در بین رهبران طالبان، حکومت آنان دچار اختلافات درونی شده است.
پس از شکست نیروهای اتحاد جماهیر شوروی پیشین در افغانستان و پیروزی مجاهدین در مقابل حکومت داکتر نجیب در دهه ۹۰ میلادی٬ افغانستان به دلیل اختلاف‌ها در میان رهبران مجاهدین وارد جنگ داخلی شد. پس از آن ملا محمد عمر مجاهد، گروه طالبان را زیر نام تحریک اسلامی طالبان ایجاد کرد.
این گروه برای نخستین بار در سال ۱۹۹۴ در ولایت کندهار ظهور کرد و پس تصرف ولایت‌های همجوار این ولایت در جنوب افغانستان در ۲۶ سپتمبر ۱۹۹۶ وارد کابل شد.
وحید مژده، یکی از افراد نزدیک به طالبان که در سالهای اخیر حکومت جمهوری در کابل کشته شد٬ در کتاب "افغانستان و ۵ سال سلطۀ طالبان" نوشته که گروه طالبان پیش تصرف کابل توسط یک شورا رهبری می‌شد که در راس آن ملا محمد عمر قرار داشت و در پیوند به موضوعات مهم این شورا تصمیم می‌گرفت.
به نوشتۀ آقای مژده، این شورا پس از تصرف کابل و انتصاب اعضای آن در بست‌های دولتی از بین رفت و این موضوع به ملا محمد عمر، بنیانگذار طالبان٬ قدرت بی‌حد و حصر داد.
ساختار قدرت طالبان در دور نخست حاکمیت آنان به گونه‌ای است که تمام صلاحیت‌ها منحصر به امیرالمومنین (ملا محمد عمر) بود و فرماندهان این گروه به جز ملا محمد عمر به هیچ کسی و یا وزیری پاسخگو نبودند.
در دور دوم حاکمیت طالبان٬ به نظر می رسد که قدرت حداقل میان دو دسته و یا هم بیشتر از افراد پر نفوذ طالبان تقسیم شده است
بیشتر اعضای رهبری طالبان در دور نخست از کندهار بودند.
ملا محمد عمر، رهبر و بنیانگذار طالبان، ملا محمد ربانی، رئیس شورای سرپرست طالبان، ملا حسن آخند، معاون شورای سر پرست و پس از مدتی وزیر خارجۀ طالبان و مولوی عبدالوکیل متوکل، عضو رهبری و وزیر خارجۀ طالبان از جمله افراد کلیدی دور نخست حاکمیت طالبان اند که همه از کندهار بودند.
با آنکه کابینۀ طالبان در کابل، پایتخت بود، اما تمام فیصله‌های اساسی در کندهار صورت می‌گرفت.
سیداکبر آغا از مقام‌های دور اول حکومت طالبان می‌گوید که ملا محمد عمر، رهبر طالبان که امیرالمومنین طالبان به شمار می‌رفت، از صلاحیت زیادی برخوردار بود و حتا مسئولان ولسوالی‌ها را هم خودش تعیین می‌کرد.
این عضو پیشین طالبان می‌گوید که در کنار کابینۀ طالبان در دور اول حاکمیت‌شان یک شورای سرپرست به ریاست ملا محمد ربانی وجود داشت که موضوعات را قبل از تأیید رهبر طالبان مورد بحث قرار می‌داد.
به گفتۀ سیداکبر آغا، در دور اول حاکمیت طالبان صلاحیت‌ها حتا در سطح و ولایت‌ها نیز تقسیم نبوده و هر ولایت تنها یک مسئول داشت که به عنوان والی تمام امور ولایت را به شمول نظامی و غیرنظامی به پیش می‌برد.
"در حکومت سابق صلاحیت‌های امیرالمومنین، ملا محمد عمر آخند که بوده به سبب جنگ و اولین امارت بودن بسیار زیاد بوده، حالا هم صلاحیت‌ها ( صلاحیت‌های امیرالمومنین) زیاد است، اما آن زمان زیادتر بوده است."
به گفتۀ سیداکبر آغا، در حکومت کنونی طالبان، صلاحیت‌ها در سطح محل میان سکتورهای مختلف که از حکومت پیشین به جا مانده، تقسیم شده است.
از سوی دیگر احمد سعیدی، آگاه مسایل سیاسی می‌گوید، در دور اول حاکمیت طالبان، در کنار این که رهبری طالبان واحد بود، بیشتر طالبان از کندهار و هلمند بودند و بربنیاد ادعای او از حمایت پاکستان، عربستان سعودی و کویت برخوردار بودند. طالبان این اتهام‌ها را پیش از این رد کرده اند.
به باور آقای سعیدی، اکنون طالبان در کنار دیگر اختلافات درونی با یک فضای رقابت میان شبکۀ حقانی و طالبان کندهاری مواجه هستند.
"رقابت میان گروه حقانی و گروه کندهاری‌ها، رقابت میان ملا یعقوب و سراج الدین حقانی و همچنین به حاشیه راندن عباس ستانکزی و پیشکش کردن امیرخان متقی این رقابت‌ها به حد خود رسیده است."
آقای سعیدی می‌گوید که قدرت در اصل میان ملا محمد یعقوب که از حمایت نسبی مردم کندهار و هلمند برخوردار است و سراج‌الدین حقانی که از حمایت مردم پکتیا و خوست برخوردار است، تقسیم شده است و دیگر مقام‌های طالبان در حاشیه هستند.
اما پیش از حاکمیت دوبارۀ طالبان، ملا عبدالغنی برادر و محمد عباس ستانکزی از اعضای مهم طالبان به شمار می‌رفتند که گفت‌وگوهای صلح دوحه را میان طالبان و امریکا و نظام پیشین افغانستان رهبری می‌کردند. اما در این اواخر از اظهارات این دو فرد به نظر می‌رسد که از وضعیت کنونی حکومتداری‌شان شاکی اند.
ملا محمد یعقوب، پسر ملا محمد عمر و وزیر دفاع طالبان و سراج‌الدین حقانی، پسر جلال‌الدین حقانی و وزیر داخلۀ طالبان هستند که گزارش‌های اختلاف شدید میان آنان و حتا درگیری‌شان به نشر رسیده اند.
در تازه ترین مورد هم کشته شدن ایمن الظواهری رهبر القاعده در یک حملۀ هواپیمای بی سرنشین امریکایی در اول ماه اگست در مهمانخانۀ مربوط به سراج الدین حقانی بر چنین گزارش‌ها مهر تأئید گذاشته است. هرچند طالبان گفته اند که در این حمله تاکنون آثاری از جسد کسی را نیافته اند و بررسی های شان در این پیوند ادامه دارد.
حکومت حکومت طالبان همواره موجودیت اختلاف در بین این دو مقام ارشدش را نیز رد کرده است.
آقای سعیدی، ادعا می‌کند که اکنون سراج‌الدین حقانی از حمایت بی قید و شرط پاکستان برخوردار است، اما ملا محمد یعقوب به دلیل رفتار گذشتۀ پاکستان با رهبران طالبان از جمله ملا محمد عمر، پدرش و ملا عبدالغنی برادر، معاون ریاست الوزرای طالبان دلِ‌خوشی از حکومت پاکستان ندارد.
محمداشرف غنی رئیس جمهور مخلوع افغانستان در تازه ترین گفتگویش با شبکۀ نشراتی افغان اقتدار ملاعمر را بیشتر از ملا هبت الله آخندزاده خواند.
"مولوی صاحب هبت‌الله اقتدار ملا صاحب محمد عمر را ندارد. وحدت آنها در حقیقت وجود ندارد. حد اقل دو و یا بیشتر از آن مرکزهای قدرت وجود دارد. در ارتباط به امرشان، اگر ملا صاحب محمد عمر امر می‌کرد که کسی در کابینه باشد، باز کسی امرش را برگشانده می‌توانست؟ "
بر اساس گزارش شورای امنیت سازمان ملل، پس از سقوط دور اول حاکمیت طالبان، سراج‌الدین حقانی، فرزند جلال‌الدین حقانی، بنیانگذار شبکۀ حقانی رهبری این شبکه را به عهده گرفت و از آن زمان این شبکه را به خط مقدم فعالیت‌های شورشی در افغانستان هدایت کرد.
این گزارش شورای امنیت سازمان ملل شبکۀ حقانی را مسئول بسیاری از حملات خونین افغانستان از جمله حمله بر هوتل کانتینینتال و سفارت امریکا و مرکز نیروهای آیساف در کابل دانسته است.
این گزارش که در سال ۲۱۴ نشر شده، شبکۀ حقانی را همچنان در همکاری با طالبان و دیگر گروه‌های تروریستی مسؤول آدم‌ربایی‌ها در افغانستان دانسته است.
تحلیل‌گران بارها گفته اند که طالبان در دور دوم حاکمیت‌شان از حمایت پاکستان و قطر برخوردار هستند و با مخالفت عربستان سعودی مواجه هستند که به باور او، این موضوعات طالبان را درگیر رقابت‌های داخلی و منطقه‌ای کرده است.
سخنگویان حکومت طالبان به پرسش‌ها در این باره پاسخ ندادند.
با آنکه در دور نخست حاکمیت طالبان بیشتر کرسی‌های کابینه به طالبان به شاخۀ درانی‌ها اختصاص داده شده بود، اما در دور دوم حاکمیت طالبان کرسی‌های کابینه میان درانی‌ها و غلجایی‌ها تقسیم شده است.
بر اساس تأیید منابع نزدیک به طالبان، ملا محمد حسن آخوند، رئیس الوزرا، ملا عبدالغنی برادر، معاون رئیس الوزرا، عبدالحکیم حقانی، رئیس ستره محکمه، امیر خان متقی، سرپرست وزارت خارجه، خیر الله خیرخواه سرپرست وزارت اطلاعات و فرهنگ، عبدالحکیم شرعی سرپرست وزارت عدلیه و محمد عیسی آخوند، سرپرست پیشین وزارت معادن و پترولیم و اکنون معین این وزارت از درانی‌ها هستند.
اما سراج الدین حقانی، سرپرست وزارت داخله، ملا محمد یعقوب مجاهد، سرپرست وزارت دفاع، عبدالحق وثیق، سرپرست اداره امنیت ملی، محمد فاضل مظلوم، معاون وزارت دفاع، خلیل الرحمن حقانی، سرپرست وزارت مهاجرین، ذبیح الله مجاهد، معاون وزارت اطلاعات و فرهنگ، عبداللطیف منصور، سرپرست وزارت آب و برق، حمیدالله آخوند زاده سرپرست وزارت هوانوردی، شیر محمد عباس استانکزی، معاون وزارت خارجه، نورمحمد ثاقب سرپرست وزارت حج و اوقاف، عبدالمنان عمری، سرپرست وزارت فوائد عامه و نورالله نوری، سرپرست وزارت سرحدات و قبائل از غلجایی‌ها هستند.
اما ذبیح‌الله مجاهد، سخنگوی حکومت طالبان چیدمان این فهرست را بر اساس درانی و غلجایی بودن رد می‌کند.
نشانه‌های از اختلاف نظر در سخنرانی‌ها و موضع‌گیری‌های رهبران و مقام‌های طالبان هم هویداست.
ملا عبدالغنی برادر، رئیس هیئت مذکراتی طالبان در قطر و معاون ریاست الوزرای حکومت کنونی طالبان و عباس ستانکزی، عضو هیئت مذاکراتی طالبان و معاون وزارت خارجۀ حکومت آنان از طرفداران ایجاد حکومت همه‌شمول و تأمین حق زنان و آموزش دختران به شمار می‌روند که بارها در سخنرانی‌ها و گفت‌وگوهایشان با رسانه‌ها این موضوع را مطرح کرده اند.
اما به دلیل مخالفت دیگر رهبران و مقام‌های طالبان تا به حال این موردها تحقق نیافته اند.
از سوی دیگر سراج‌الدین حقانی، وزیر داخلۀ طالبان و رهبر شبکۀ حقانی بارها خواستار تعامل اقتصادی و دیپلوماتیک جهان با طالبان شده است و بارها در گفت‌وگویش با برخی رسانه‌های خارجی گفته که مشکلی با آموزش دختران ندارد.
اما ملاهبت‌الله آخندزاده، رهبر طالبان به تاریخ دهم سرطان در نشست بزرگ علما گفت که زیر بار خواست‌های جامعۀ جهانی و کشورها نخواهد رفت، حتا اگر بالایشان بمب اتم استفاده کنند. وزارت معارف طالبان هم بارها گفته که موضوع باز شدن مکتب‌ها به روی دختران بالاتر از صنف ششم به تصمیم رهبرشان بستگی دارد.
طالبان به تاریخ ۱۵ آگست با از هم‌پاشیدن نظام جمهوریت قدرت را برای بار دوم به دست گرفتند و چند روز بعد یک کابینۀ سرپرست به ریاست ملا محمد حسن آخند اعلام کردند.
با توجه به اظهارات افراد نزدیک به طالبان و آگاهان امور و عملکرد رهبران طالبان در دور دوم حاکمیت‌شان، به نظر می‌رسد که قدرت در بین رهبران آنان تقسیم شده و مانند دور نخست حاکمیت آنان، قدرت تنها در دست رهبر آنان نیست.
همین اکنون ملا هبت‌الله، رهبر طالبان تنها در موردهای خاصی از کندهار اعلامیه و فرمان صادر می‌کند و تمرکز قدرت در کابل است و دیگر مقام‌های طالبان از جمله ملامحمد یعقوب، سراج‌الدین حقانی و ملا عبدالغنی برادر در کارهای اجرایی حکومت طالبان دخیل هستند.
