یکی از انتقادها بالای طالبان این است که در حکومت خود جز سران طالبان به اقشار دیگر جای نداده، اما گفته‌های هم وجود دارد که طالبانِ شامل حکومت‌شان هم در بین خود یک گروه واحد نیستند.
موضوعی‌که سخنگویان طالبان آن را رد می‌کنند و می‌گویند که تمام‌شان زیر یک چتر و رهبری کار می‌کنند و میان‌شان تقسیم و گروه‌ها نیست، اما شماری از کارشناسان به این باور اند که حکومت طالبان به دو گروه مهم تقسیم شده‌است.
برخی‌ها ادعا می‌کنند که گروه حقانی بیشترین کرسی‌های حکومت طالبان را از آن خود کرده‌است.
برخی نظریات در مورد ساختار حکومت طالبان را در این گزارش ویدیویی ببینید.
