شماری از دانش‌آموزان و آموزگاران مکتب‌ها در نقاط مختلف افغانستان شکایت دارند که به دلیل نبود ساختمان و یا صنف درسی در هوای سرد و گرم در فضای باز و با مشکلات زیاد درس می‌خوانند.
غلام صدیق فاروقی، یکی از آموزگاران مکتب متوسطۀ قم گذر ولسوالی درقد ولایت تخار می‌گوید، این مکتب تعمیر ندارد و آنها با مشکلات زیادی به شاگردان تدریس می‌کنند:
"خمیه هم زیاد نیست که زیرخیمه تدریس کنیم، زمانی که گرمی باشد به شاگردان در گرمی تدریس می‌کنیم و این برای استادان و شاگردان مشکل است، یک ساعت یک جا و یک ساعت جای دیگر تدریس می‌کنیم گاهی زیر سایۀ دیوار و گاهی زیر سایۀ درخت می‌رویم و ما زیاد مشکل داریم."
برخی دانش‌آموزان هم در دیگر ولایت‌ها از این مشکل شکایت دارند.
صادق، دانش‌آموز صنف ششم یکی از مکاتب در شهر کابل و مرتضی، یکی از دانش آموزان صنف هفتم در ولایت ننگرهار که برای ناشناس ماندن نخواستند نام مکتبشان در گزارش گرفته شود، به رادیو آزادی گفتند:
"ما مکتب داریم اما نه صنف داریم و نه چوکی، از این ناحیه سخت دچار مشکل استیم و از دولت می‌خواهیم که برای ما صنف‌های درسی را جور کند."
"در مکتب ما مشکلات زیاد است، بیشتر دانش‌آموزان ما صنف درسی ندارند و در فضای باز درس می‌خوانند به دلیل ریزش باران‌ها برخی صنف‌هایی که موجود است چکک می‌کنند و با مشکل کمبود کتاب هم روبه‌رو هسیتم."
برخی خانواده‌ها نیز از نبود صنف‌های درسی در مکتب‌های محل‌شان شاکی اند.
ناصر احسانی، یکی از این خانواده‌ها و باشندۀ ولسوالی یکاولنگ ولایت بامیان به رادیو آزادی گفت:
"مشکلات مکاتب وجود دارد در یکاولنگ، در مرکز ولسوالی مکتب تعمیر ندارد، شاگردان در زیرخیمه درس می‌خوانند، این خیمه‌ها در برف و باران تر می‌شود و در هوای گرم هم گرم است و یک تعداد شاگردان در مساجد درس می‌خوانند، در کل همه شاگردان در نبود امکانات قرار دارند."
منصور احمد حمزه، سخنگوی وزارت معارف حکومت طالبان به پرسش‌ها در بارۀ این مشکل دانش‌آموزان و این که چه تعداد مکاتب در کدام ولایات فاقد ساختمان یا صنف درسی هستند، پاسخ نداد.
اما ملا هبت‌الله آخندزاده، رهبر طالبان چندی پیش در پیام عیدی‌اش گفته بود، وزارت معارف حکومت طالبان برای آموزش‌های دینی و عصری در تمام ولایات و ولسوالی‌ها تشکیلات گسترده دارد و صدها مراکز دینی و علمی را فعال ساخته است.
با این وجود ابراهیم شینواری، معین پیشین وزارت معارف در نظام جمهوری پیشین مدعی است که حکومت طالبان تعهدی به ساخت مکاتب ندارد و به همین خاطر بیشتر بجای مکاتب به مدارس توجه می‌کند:
"اینجا دو دلیل موجود است؛ اول این که ممکن اینقدر بودجه نداشته باشند، دوم این که اینها به معارف تعهد ندارند، بخاطری که مکاتب دختران را مسدود کردند، روزبه‌روز تعداد مدارس را بیشتر می‌سازند، پس برای اینها مدرسه اولویت دارد."
این درحالیست که انتویو گوترش سرمنشی سازمان ملل متحد حدود دو ماه پیش در گزارش‌اش به شورای امنیتی این سازمان گفت، حکومت طالبان به گونۀ قابل توجهی تعداد مدارس ثبت شده در افغانستان را افزایش داده است.
موضوع نداشتن ساختمان و یا صنف درسی برخی مکتب‌ها مشکلی بود که در زمان نظام جمهوری پیشین نیز وجود داشت، اما مقام‌های پیشین وزارت معارف علت آن را نبود بودجۀ کافی در بخش معارف و ناامنی عنوان می‌کنند.
اما با حاکمیت دوبارۀ طالبان بر افغانستان در آگست سال۲۰۲۱ ، نه تنها مشکل کمبود تعمیر و کتاب‌های درسی دانش‌آموزان حل نشده، بلکه حکومت طالبان دروازه‌های مکتب را هم بروی دختران بالاتر از صنف ششم بسته و آنان را از حق آموزش در مکاتب و تحصیل در پوهنتون‌ها محروم کرده است.
