با وجود اینکه امیرخان متقی سرپرست وزارت خارجۀ حکومت طالبان گفته که افغانستان برای همه افغان‌ها امن است، اما بسیاری از سازمان‌های بین‌المللی و داخلی حقوق بشری از جمله سازمان ملل متحد در گزارش‌های مختلف طالبان را به دستگیری، شکنجه و کشتن نیروهای امنیتی نظام پیشن، فرهنگیان، روزنامه‌نگاران، فعالان مدنی و فعالان حقوق زن متهم کرده اند.
سرپرست وزارت خارجۀ حکومت طالبان در دیدار با خانواده‌های کشته شدگان افغان در بلغاریا، کشورهای غربی را متهم کرد که به بهانه‌های مختلف کادرهای علمی را از افغانستان خارج می‌کنند.
او گفت که کشورهای غربی باید از بیرون کردن افراد تحصیل کرده از افغانستان دست بردارند، زیرا به گفتۀ او، این امر به ضرر این کشور است:
"وضعیت امنیتی کشور نیز خوب است و در پالیسی حکومت نیز آمده است که این وطن متعلق به همه افغان‌هاست و حق دارند در این وطن زندگی کنند، این پیام را باید جهان بشنود، به افغان‌ها پرونده‌هایی که اینجا خطر است، درست نکند و استعدادهای افغانستان، کادرهای علمی و افتخارات ما نباید از کشور خارج شوند."
پس از استقرار مجدد طالبان در افغانستان، ایالات متحدۀ امریکا، کانادا و برخی کشورهای اروپایی بیش از ۱۵۰ هزار افغان را به شمول اعضای دولت پیشین، کارمندان افغان نیروهای خارجی، خبرنگاران، فعالان مدنی و حقوق زنان و غیره را از افغانستان بیرون کردند.
بر اساس گزارش‌ها، از آغاز استقرار مجدد حکومت طالبان در افغانستان، تنها از پوهنتون کابل ۴۰۰ استاد استعفا دادند و افغانستان را ترک کرده اند.
در همین حال برخی از فعالان اجتماعی و سیاسی افغانستان می‌گویند که در کنار نبود کار و اشتغال در وطن، مشکلات سیاسی و اجتماعی و تندروی حکومت طالبان باعث خروج کادرها از افغانستان شده است.
برشنا صافی، فعال حقوق زنان که در حال حاضر در خارج از کشور زندگی می‌کند، می‌گوید که امنیت شخصی در افغانستان وجود ندارد:
"اگر در وطن امنیت شخصی وجود داشت، حقوق شهروندان تأمین بود و حق تحصیل داده می‌شد، هیچ کس وطن را ترک نمی‌کرد. حق تمام کادرهای افغانستان گرفته شده است، طالبان به آنها به حقارت می‌نگرند، فقط آنهایی که در مدرسه درس خواندند، طالب هستند و یا ملا هستند."
ارشاد رغاند نویسنده، شاعر و خبرنگار نیز می‌گوید که افغانستان اکنون به طالب و غیرطالب تبدیل شده و انواع حقوق از کادرهای اقشار مختلف گرفته شده است:
"به کادرها علمی قدر داده نمی‌شود، افغانستان اکنون فقط طالبان و غیرطالبان تقسیم شده است، هر کسی طالب نباشد، هر کادری که باشد، مایۀ ننگ است، بحث زنان که برای همه دنیا روشن است که تمامی حقوق‌شان را گرفته است."
هرچند ذبیح‌الله مجاهد سخنگوی حکومت طالبان به پرسش‌های رادیو آزادی در بارۀ نگرانی مردم پاسخی نداد، اما پیش از این گفته بود که حقوق همۀ شهروندان در افغانستان محفوظ است.
این در شرایطی است که حکومت طالبان علاوه بر ممنوعیت آموزش بالاتر از صنف ششم و تحصیلات دختران، آزادی بیان را محدود کرده، بر کار زنان محدودیت شدید وضع کرده و در برخی موارد فعالان اجتماعی و حقوق زنان و خبرنگاران را بازداشت و زندانی می‌کند.