سازمان حقوق بشری فریدم هاوس می‌گوید افغانستان از کشورهای است که آزادی‌های مذهبی در آن نقض شده‌است.
این سازمان با نشر گزارش سالانه خود به روز پنجشنبه در مورد آزادی‌ها در جهان گفته که "رژیم طالبان در افغانستان با دستور دادن به پوهنتون‌ها برای حذف کتاب‌های مذهبی که با مذهب سنی همخوانی ندارد، تلاش‌های خود در این مورد را تشدید کرده‌است".
در گزارش سازمان فریدم هاوس همچنان اعتراض شده که شیعیان مسلمان در افغانستان از انجام مراسم مذهبی خود در ملاء عام ممانعت می‌شوند و همچنان از برگزاری مراسم مذهبی هندوها در این کشور از سوی طالبان جلوگیری شده‌است.
فریدم هاوس ۶۷ کشور جهان را از نظر آزادی‌های سیاسی و مدنی، غیر آزاد خوانده و افزوده که افغانستان نیز شامل ۱۵ کشوری است که از نظر حقوق سیاسی و اجتماعی در بدترین وضعیت قرار دارد.
حکومت طالبان پیش از این با رد گزارش‌ها در باره وضع محدودیت‌های مذهبی در افغانستان گفته که محلات مشخصی را بخاطر تأمین امنیت برای برگزاری مراسم مذهبی شیعیان تعیین کرده‌است.
اما وزارت تحصیلات عالی حکومت طالبان حدود دو ماه قبل به همه پوهنتون‌های دولتی و خصوصی در افغانستان دستور داد که کتابخانه‌های خود را از کتاب‌های فقه غیر حنفی و برخی کتاب‌های دیگر تصفیه و بجای آن کتاب‌های سیرت نبوی مربوط مذهب سنی را جابه‌جا کنند.
در این میان برخی از شیعیان در افغانستان نیز مدعی اند که محدودهای مذهبی از سوی حکومت طالبان در افغانستان بر آنان وضع شده و می‌افزایند که این مسئله می‌تواند پیامدهای منفی ببار بیآورد.
یکی از آنان ساکن در ولایت کابل که بخاطر حساسیت موضوع نخواست نامش در گزارش گرفته شود به رادیو آزادی گفت: "ما را نمی‌گذارد که همان مراسم که مربوط به مذهب ما می‌شود آزادانه انجام دهیم و این سبب بی‌اتفاقی میان اقوام می‌شود و این مشکل امروز در افغانستان عام شده است و این مشکلات سبب می‌شود که مردم «شیعیان» خود را از جامعه دور احساس کنند."
همچنان صادقی‌زاده نیلی نماینده ولایت دایکندی در ولسی جرگه جمهوری پیشین و عضو قبلی شورای عالی تنظیم امور دینی شیعیان افغانستان با اشاره به وضع محدودیت از سوی حکومت طالبان بر مراسم عاشورا و جمع‌آوری کتاب‌های مربوط به مذهب غیر حنفی از کتابخانه‌ها به رادیو آزادی چنین گفت: "این یقیناً مشکلاتی زیادی را به وجود خواهد آورد. اول وحدت ملی را آسیب فراوان خواهد رساند، دوم اخوت را که از سال‌های سال میان مذاهب حنفی و جعفری در افغانستان وجود داشته و دارد آسیب می‌زند و سوم به طالبان که به پسوند امارت اسلامی حاکمیت می‌کنند و در اسلام آزادی بیان و آزادی انتخاب مذهب وجود دارد."
این در حالی است که پیش از این نیز برخی عملکردهای حکومت طالبان در ارتباط به محدود ساختن آزادی‌های اکادمیک و مذهبی انتقادهای بین‌المللی را برانگیخته است.
کمیسیون بین‌المللی آزادی مذهبی آمریکا نیز در گزارش چند ماه قبل خود گفت که طالبان به طور سیستماتیک آزادی مذهبی همه افغان‌ها به شمول آنانی‌که تفسیر متفاوتی از اسلام دارند را محدود کرده و تفسیر شدیدی از مذهب سنی را تطبیق می‌کنند، آن‌چه که حکومت طالبان رد کرده‌است.
گفتنی‌ست که در این گزارش تازه سازمان فریدم هاوس آمده که آزادی‌های سیاسی و مدنی در ۵۲ کشور جهان در سال ۲۰۲۳ برای هجدهمین سال متوالی کاهش یافته است.
