شورای امنیت سازمان ملل متحد حکومت طالبان در افغانستان را به داشتن روابط نزدیک با شبکهٔ القاعده متهم کرده و مدعی است که این شبکه در چندین ولایت افغانستان مرکزهای آموزشی و تاسیساتی را ایجاد کرده‌است.
بر اساس گزارش این شورا، شبکه القاعده چهار مرکز آموزشی در ولایات غزنی، لغمان، پروان و ارزگان ساخته است.
گزارش همچنان می‌افزاید که این شبکه یک انبار تسلیحاتی در پنجشیر دارد و در کابل، هلمند و هرات تاسیساتی را ایجاد کرده است.
بر اساس گزارش شورای امنیت سازمان ملل متحد، شبکهٔ القاعده که از ۳۰ سال به این‌سو در افغانستان فعالیت دارد، تازه مدارس جدید را به شمول ننگرهار در نورستان، کنر و پروان فعال کرده‌است.
هر چند تعداد دقیق اعضای شبکهٔ القاعده در افغانستان مشخص نیست، اما در گزارش شورای امنیت ادعا شده که ۱۰ چهره معروف این شبکه که نام‌های شان ذکر نشده در افغانستان ساکن هستند.
در گزارش آمده که تلاش‌های طالبان برای محدود کردن فعالیت‌های شبکهٔ القاعده در افغانستان، سبب سلسلۀ از اختلاف‌ها میان این گروه شده‌است. شورای امنیت جزئیات بیشتر در مورد این موضوع نداده‌است.
ذبیح‌الله مجاهد سخنگوی حکومت طالبان با نشر یک اعلامیۀ صوتی در تلویزیون ملی تحت کنترل طالبان، این گزارش شورای امنیت را رد کرده‌است.
او می‌افزاید: "متاسفانه یک روند منظم اتهام وارد کردن بالای امارت اسلامی افغانستان از آدرس سازمان ملل متحد آغاز شده‌است که همیشه در حال پروپاگند است و این استفاده‌جویی از آدرس ملل متحد است که متاسفانه کشورهای عضو نیز اجازه می‌دهند که این نوع استفاده‌جویی ادامه یابد، هیچ عضو مربوط به القاعده در افغانستان حضور ندارد و نه امارت اسلامی به کسی اجازه می‌دهد که از خاک افغانستان بر ضد کسی استفاده شود."
سخنگوی حکومت طالبان همچنان گفته است که شورای امنیت از منابعی برای تهیه گزارش‌هایش استفاده می‌کند که در ۲۰ سال گذشته به خاطر منافع خود در کنار به گفته او اشغالگران ایستاد بوده و اکنون نسبت به توسعه و آبادی افغانستان حساسیت دارند، اما او از این منابع نام نبرد.
کمک حکومت طالبان با تحریک طالبان پاکستان (تی تی پی)
هرچند ذبیح‌الله مجاهد در این اعلامیه‌ای روابط با هر نوع افراد مسلح را رد کرد، اما شورای امنیت در گزارش خود گفته است که برخی از فرماندهان تحریک طالبان پاکستان (تی‌تی‌پی)، کمک‌های منظم از سوی طالبان افغان دریافت می‌کنند.
در گزارش همچنان گفته شده که شمار افراد وابسته با «تی‌تی‌پی» نیز افزایش یافته است.
بر اساس گزارش، شبکهٔ القاعده نیز در این بخش سهیم است و در قسمت تجهیز و آموزش افراد مسلح این گروه کمک می‌کند.
حکومت طالبان پیش از این هر نوع ادعا در مورد موجودیت اعضای تحریک طالبان پاکستان (تی‌تی‌پی) در افغانستان را رد کرده‌اند.
موجودیت و تهدید گروه داعش در افغانستان
علاوه بر این، در گزارش شورای امنیت سازمان ملل متحد به شاخه ولایت خراسان داعش نیز اشاره شده که به گفته این شورا همچنان برای منطقه و افغانستان یک تهدید است.
در گزارش آمده که اولین هدف گروه داعش غیر نظامیان شیعه هستند، بعد طالبان و غیر نظامیان دیگر.
در گزارش آمده است، هرچند طالبان ادعا کرده‌اند که داعش را شکست داده‌اند، اما افراد مسلح آن‌ها هنوز هم حملاتی را در افغانستان انجام می‌دهند.
شورای امنیت همچنان گفته که ثناءالله غفاری، رهبر شاخهٔ ولایت خراسان گروه داعش که به شهاب‌المهاجر مشهور است هنوز هم زنده است.
سال گذشته رسانه‌های پاکستانی به نقل از منابع در این کشور گزارش داده بودند که المهاجر در یک حمله در کنر کشته شده‌است.
حکومت طالبان آن زمان در مورد کشته شدن او چیزی نگفته بودند.
گروه‌های مسلح دیگر
در گزارش شورای امنیت سازمان ملل متحد به جز از داعش به حضور برخی گروه‌های مسلح دیگر در افغانستان نیز اشاره شده‌است.
در این گزارش اسامی جنبش اسلامی ازبکستان، اتحاد جهاد اسلامی، خطیبه یما بخاری، جنبش اسلامی ترکستان شرقی و شماری دیگر از گروه‌ها ذکر شده که به گفته شورای امنیت در افغانستان حضور و فعالیت دارند.
پس از آغاز حاکمیت دوبارۀ طالبان در افغانستان، گزارش‌های مکرر از حضور و نگرانی‌های در مورد شبکه القاعده در افغانستان منتشر شده‌است.
اما در ماه جولای ۲۰۲۲، پس از کشته شدن ایمن‌الظواهری رهبر شبکه القاعده در یک حمله طیارهٔ بی‌سرنشین امریکایی در کابل، این نگرانی‌ها بیش از پیش افزایش یافت.
