به دنبال بروز نشانه‌هایی از اختلاف نظر بین مسئولان ارشد کمیسیون مستقل انتخابات، نگرانی‌هایی در مورد تأثیر آن بر کارکرد این کمیسیون مطرح شده است.
اگرچه اعضای کمیسیون موجودیت اختلاف بین مقام‌های این کمیسیون را تکذیب می‌کنند، اما برخی از ناظران می‌گویند اختلاف‌هایی بین آنها وجود دارد و این امر "نگران‌کننده" است.
بنیاد انتخابات آزاد و عادلانۀ افغانستان (فیفا) می‌گوید این اختلاف نظرها باعث تشویش اذهان عمومی و نهادهای مربوط به انتخابات می‌شود.
یوسف رشید، رئیس اجرایی فیفا گفت: "این‌که آنها امروز نمی‌توانند به یک نتیجه برسند که نتایج ابتدایی را چگونه و چه زمانی اعلام کنند، خودش واضح می‌سازد که آنها تا کنون به یک دیدگاه واحدی دست پیدا نکرده‌اند."
نعیم ایوب‌زاده، رئیس بنیاد انتخابات شفاف افغانستان (تیفا) نیز می‌گوید اختلاف بین مقام‌های ارشد کمیسیون زمینه را برای سوءاستفادۀ تیم‌های انتخاباتی فراهم می‌کند.
آقای ایوب‌زاده افزود: "[این اختلاف‌ها] می‌تواند که تأثیرات منفی داشته باشد و اعتبار و اعتماد کمیسیون را زیر سؤال ببرد. این‌که نتیجه [انتخابات] تا چه حدی می‌تواند قابل قبول باشد و در نهایت زمینه را برای تکت‌های انتخاباتی فراهم می‌کند تا از این وضعیت به نفع خود سوءاستفاده کنند."
اما اورنگ‌زیب، عضو کمیسیون مستقل انتخابات در نشست خبری اعضای کمیسیون گفت که "در بین اعضای کمیسیون هیچ اختلافی وجود ندارد."
او افزود: "ما در بین خود بهترین هماهنگی داریم. از زمانی که انتخابات به گونۀ خوب مدیریت شده است و مردم می‌گویند که این انتخابات خوب بود، این در نتیجۀ وحدت و اتحاد کمیشنران بود."
از هفته‌ها پیش گزارش‌های تأیید نشده‌ای وجود داشت که مقام‌های ارشد کمیسیون با هم اختلاف نظر دارند. اما وقتی اعلام نتایج اولیه انتخابات به تأخیر افتاد و تاریخی برای اعلام آن مشخص نشد، نشانه‌هایی از اختلاف نظر بین این مقام‌ها تا حدی آشکار شد.
حوا علم‌نورستانی، رئیس کمیسیون مستقل انتخابات شام روز (شنبه ۲۷ میزان) روزی که قرار بود نتایج ابتدایی انتخابات ریاست جمهوری اعلام شود، اعلام کرد که به دلیل مشکلات فنی، دشواری مدیریت زمان و نیاز به دقت در شمارش آرا، موفق به اعلام نتایج ابتدایی انتخابات ریاست جمهوری در زمان تعیین شدۀ آن نشده است.
خانم نورستانی به دلیل تأخیر در اعلام نتایج اولیه انتخابات از مردم معذرت خواست، اما محمد عبدالله عضو کمیسیون، عذرخواهی او را ناشی از نظر شخصی او دانست. این عضو کمیسیون به خبرنگاران گفت که اگر او بجای رئیس کمیسیون می‌بود، مسئولان این تأخیر را به نهادهای قضایی معرفی می‌کرد.
آقای عبدالله گفته با آن که مشکل فنی وجود ندارد، اما کارها در این کمیسیون به کندی به پیش می‌رود و به همین دلیل اعلام نتایج ابتدایی با تأخیر مواجه شده است.
اختلاف نظر در بارۀ ادعاهای ضد و نقیض در مورد شکستن قفل دروازۀ مرکز اطلاعات کمیسیون انتخابات نیز از مواردی است که به آن اشاره شده است.
کمیسیون روز دوشنبه با صدور اعلامیه‌ای این موضوع را رد کرد، اما روز سه‌شنبه در نشست خبری خود اعلام کرد که یکشنبه شب تنها قفل دهلیز این مرکز را مسئولان امنیتی کمیسیون شکسته‌اند.
پیش از این سه منبع در داخل کمیسیون به رادیو آزادی گفته بودند که قفل دروازۀ ساختمان مرکز اطلاعات این کمیسیون شکسته است.
