شماری از حقوق‌دانان و اعضای ولسی جرگه افغانستان اقدامات اخیر رئیس جمهور غنی در برابر وزارتخانه‌ها را برخورد دوگانه عنوان کرده می‌گویند که فرمان‌های تازه آقای غنی در رابطه به وزارت‌های خارجه و مالیه در تناقض قرار دارند.
عبدالستار سعادت یکی از آگاهان حقوقی و مشاور پیشین رئیس جمهور در مورد می‌گوید: "اگر شما در وزارت مالیه این تفاوت را مشاهده کنید موضوع طور دیگر نمایان می‌شود، یعنی این یک اقدام سیاسی و حرکت کمپاینی است و به لحاظ حقوقی تبعیض اداری گفته می‌توانیم، رئیس جمهور می‌خواهد آن مخالفین سیاسی‌اش را که وی را همراهی نمی‌کنند بالای آنان فشار‌ها را زیاد کند و این حکم رئیس جمهور در مورد گمرکات شکی را ایجاد می‌کند که گویا از گمرکات برای کمپاین کار می‌گیرد."
رئیس جمهور با صدور حکمی تمامی تقرری‌های سیاسی وزارت خارجه را به ریاست جمهوری محدود ساخته است.
به اساس این حکم رئیس جمهور، تمامی احکامی که قبلاً در زمینه صادر شده بود، لغو گردیده‌است.
اما در مورد وزارت مالیه حکم نموده که به شمول سارنوالی و اداره عالی بررسی هیچ یک از ادارات کشفی و امنیتی حق مداخله در وزارت مالیه به خصوص گمرکات را ندارند.
موضوع برخورد دوگانه در نهاد‌های دولتی قبل از این هم مطرح شده‌است.
اما شینکی کروخیل عضو ولسی جرگه و سفیر پیشین افغانستان در کانادا می‌گوید که وزارت خارجه دیپلومات‌ها را بنابر روابط شخصی و خلاف منافع ملی در بیرون از کشور تعیین می‌کند.
به نقل از وی نیاز است تا رئیس جمهور غنی در مورد مداخله کرده و افراد شایسته را تعیین کند.
وی افزود: "به نظر من فعلاً این یک تصمیم معقول است تا وزارت خارجه به کمبودی‌ها در زمینه تقرری‌هایش متوجه شود، چون در بیرون از کشور بیشتر افراد مربوط به یک گروه مقرر می‌شوند."
ریاست جمهوری افغانستان در پیامی که به رادیو آزادی فرستاده است می‌گوید که بر اساس فقره ۱۳ ماده ۶۴ قانون اساسی تعیین، تقاعد، قبول استعفا و عزل مأمورین عالی رتبه مطابق به احکام قانون از صلاحیت‌های رئیس جمهور است.
در همین حال وزارت مالیه افغانستان می‌گوید که هدف از حکم رئیس جمهور محدود ساختن مداخله در امور این وزارت به خصوص گمرکات بوده و به معنی محدود ساختن صلاحیت‌های قانونی هیچ ارگانی نمی‌باشد.
این وزارت به رادیو آزادی می‌افزاید که با تمامی ادارات هماهنگی کامل داشته و معلومات مورد نظر شان را فراهم می‌کنند.
تلاش نمودیم تا در زمینه نظر وزارت خارجه را نیز داشته باشیم، اما موفق نشدیم.
در عین حال خالد سادات یکی از آگاهان حقوقی گمرکات کشور را آغشته به فساد عنوان کرده و دخیل بودن نهاد‌های عدلی و قضایی را در آن حتمی عنوان می‌کنند.
وی گفت: "در موضوع فساد اداری و رشوت به خصوص در منابع عایداتی افغانستان نیاز است تا به حیث یک منبع مستقل بررسی شود و به خصوص صلاحیت سارنوالی نباید محدود ساخته شود."
به نقل از وی، در صورتی که صلاحیت‌های نهاد‌های عدلی و قضایی به ویژه سارنوالی محدود ساخته شود زمینه فساد در کشور گسترده‌تر خواهد شد.