کمیته اولیای شاگردان مکاتب افغان-ترک از انتقال این مکاتب در افغانستان به بنیاد معارف ترکیه ابراز نگرانی کرده و می‌گوید اجازه نمی‌دهد تا مکاتب باقی‌مانده افغان-ترک زیر مدیریت این بنیاد قرار گیرد.
عبدالشکور دادرس یک عضو این کمیته روز چهارشنبه «۰۵ سرطان ۱۳۹۸» در یک نشست خبری در کابل گفت، این بنیاد یک نهاد مستقل غیر حکومتی نه، بلکه مربوط به حکومت ترکیه بوده و فعالیت‌هایش غیر قانونی می‌باشد.
وی گفت: "اصلاً بنیاد معارف ترکیه یک تشکیل انجو و وقفی نبوده، بلکه مطلق یک تشکیل دولتی ترکیه است و وزارت اقتصاد در ثبت آن به خطا رفته است، بناءً تمام فعالیت‌های بنیاد معارف ترکیه در افغانستان غیر قانونی است."
اعضای این کمیته می‌گویند که انتقال مکاتب افغان-ترک به بنیاد معارف ترکیه از سوی حکومت‌های دو کشور یک تصمیم نادرست بوده و بر روحیه شاگردان این مکاتب تأثیر منفی می‌گذارد.
در این حال سهراب بهمن سخنگوی وزارت اقتصاد افغانستان در مورد ثبت بنیاد معارف ترکیه در آن وزارت گفت: "این قبلاً یک بنیاد ترکی بود و لغو شده بود، بعداً مطابق مکتوب وزارت خارجه که به ما ارسال شد و ما مطابق آن عمل کردیم و این بنیاد به مؤسسه جدید انتقال کرد و هر کاری‌که شده در روشنایی مؤسسات انسجام غیر دولتی صورت گرفته است."
پس از کودتای نافرجام ۲۰۱۶ در ترکیه، دولت آن کشور فتح‌الله گولن را متهم اصلی این کودتا دانست و به این دلیل خواهان مسدود شدن مکاتب افغان-ترک که زیر نظر آقای گولن فعالیت داشتند، گردید.
دولت ترکیه در آن زمان از حکومت افغانستان خواست تا فعالیت این مکاتب را متوقف سازد.
حالا وزارت معارف افغانستان می‌گوید که انتقال مکاتب افغان-ترک به اساس روابط دولت‌ها صورت گرفته و از اولیای شاگردان این مکاتب می‌خواهد تا موضوع را سیاسی نسازند.
نوریه نزهت سخنگوی این وزارت می‌گوید: "نهادی که قبلاً مسئولیت نهاد مکاتب افغان-ترک را بر عهده داشت از طرف دولت‌های دو کشور منحل شده و فاقد اعتبار است و بحث اولیای شاگردان این‌ها یک جمع از کسانی اند که نمی‌خواهند انتقال به صورت درست آن صورت بگیرد، در حالی که روند انتقال به‌خاطر ایجاد سهولت به شاگردان مکاتب افغان-ترک روی دست گرفته شده‌است."
خانم نزهت گفت که بنیاد معارف ترکیه یک نهاد نیمه دولتی است، اما امکانات و بودجه خود را از سوی مردم ترکیه به دست می‌آورد و در عملکرد خود مستقل می‌باشد.
به اساس معلومات وزارت معارف، ۱۲ مکتب افغان-ترک در کابل و شماری از ولایات افغانستان فعالیت دارند.
این وزارت می‌گوید که روند انتقال مکاتب افغان-ترک به بنیاد معارف ترکیه در ولایات تکمیل شده و در کابل نیز انتقال این مکاتب به این بنیاد در حال اجرا است.
